Фонд Бортника появился в 1994 г. для поддержки и финансирования научно-технических проектов и получает бюджетное финансирование. В 2015 г. оно составило 8,5 млрд руб. К 2014 г. фонд поучаствовал в 4800 стартапах. ФИОП появился в 2010 г. после реорганизации госкорпорации «Роснанотех» и занимается развитием инфраструктуры в сфере нанотехнологий и образовательными программами (например, «Школьная лига РОСНАНО). Бюджетное финансирование ФИОПа до 2015 г. составило 18,15 млрд руб., а с 2016 по 2020 г. — 12 млрд руб. Андрей Свинаренко с 1995 по 2007 г. последовательно был заместителем и первым заместителем министра экономики, министра промышленности, науки и технологий, а также министра образования и науки. Бортник был заместителем министра науки в 1992–1993  гг.

Освободить себя от должности Бортник попросил еще в сентябре, сказал он «Ведомостям», объяснив свое желание возрастом (он родился в 1940 г.). О том, что у Бортника были такие планы, знает один из его знакомых.

Бортник сообщил, что сейчас надеется стать советником гендиректора фонда, чтобы продолжить заниматься тем, чем и занят сейчас: вовлечением молодежи в инновационное предпринимательство. А Свинаренко на посту займется более четким планированием и организацией работы фонда, говорит Бортник. По его словам, работу фонда стоит более четко разделить на предпосевную, посевную и международную.

В январе этого года вице-премьер Аркадий Дворкович анонсировал реформу институтов развития: «Их мандаты, их целевые установки, ключевые показатели эффективности будут уточнены <…> Останутся ли живы все эти институты, еще предстоит решить». А в начале апреля стало известно, что премьер-министр России Дмитрий Медведев дал поручение Минфину и Минэкономразвития скоординировать работу «Сколково» с фондом Бортника, а также подумать над переездом в Сколково Российской венчурной компании и фонда Бортника.

Перестановка в руководстве фонда Бортника вряд ли связана с реформой, рассуждает знакомый Бортника и Свинаренко. С этим согласен и сам Бортник: он полагает, что назначение Свинаренко не означает слияния фонда содействия с ФИОПом — по его словам, даже в силу юридической формы сделать это будет весьма затруднительно. Бортник знает, что такого же мнения придерживается и Минэкономразвития. Представитель Минэкономразвития Елена Лашкина подтвердила «Ведомостям», что министерство не обсуждает ни слияние или поглощение фонда Бортника структурами РОСНАНО, ни изменение инвестиционного мандата фонда Бортника в соответствии с повесткой РОСНАНО.

Фонд и сейчас неплохо взаимодействует с ФИОПом, отмечает Бортник: ФИОП вкладывается в образование и инфраструктуру для исследований, что полезно для проектов, впоследствии приходящих в фонд Бортника. Андрей Свинаренко пояснил «Ведомостям», что с его назначением фонд будет более плотно работать с ФИОПом. Это выразится в совместных программах и проектах, но каких конкретно — он не сказал.

Свое мнение о работе фонда есть и у Счетной палаты. В январе этого года ревизоры отчитались о проверке фонда, сообщив, что из 8,5 млрд руб. бюджетного финансирования фонда 5 млрд руб. пришлось на средства антикризисного фонда, но ни один правовой акт не определяет приоритеты, как фонд Бортника должен расходовать «антикризисные» деньги. В итоге, сообщает Счетная палата, фонд Бортника потратил 15 млн руб. на разработку катера-аэробота, предназначенного для «класса достаточно состоятельных граждан <…> имеющих свободные средства и желающих использовать их для отдыха и развлечений». Другие 15 млн руб. фонд вложил в производство инновационных межкомнатных дверей, потреблять которые могут бизнес-центры, банки, рестораны. Не одобрила Счетная палата и 12,1 млн руб., которые фонд вложил в производство тропических ракообразных, которые относятся к деликатесным морепродуктам.

«Представляется необоснованным за счет средств антикризисного фонда осуществлять государственную поддержку проектов, направленных на организацию производства товаров для высокообеспеченных граждан», — резюмировала председатель Счетной палаты Татьяна Голикова.